Ich habe das Problem jetzt im Griff, wenn auch nicht richtig verstanden, als Hilfe für andere noch ein paar Infos:
Die Einstellung war projektabhängig.
Gelöst habe ich das Problem in dem ich das file *.dof gelöscht
habe. Danach musste zwar meine ganzen projektabhängigen
Einstellungen, hauptsächlich Pfade und Debug-Optionen neu
eingeben, dafür war aber das Build-Fenster wieder sichtbar.
Damit bin ich zufrieden, auch wenn mir immer noch nicht klar ist,
wie das Fenster verschwunden ist und mit welchem Parameter man es
wieder zurückholen kann.